Este procedimiento es muy básico. Desde tiempos de Windows 9x el sistema viene con una herramienta para su desfragmentación incluida de fábrica. Normalmente se recomienda hacerlo una vez al mes (depende de cuánto uses el ordenador). Desfragmentar el disco consiste en mover archivos fragmentados a nuevas posiciones en el disco donde todos sus datos estén en posiciones contiguas. Cuando más tarde haya que leer ese archivo será mucho más rápido, al estar todo situado en el mismo sitio.
Fragmentacion del disco duro.Un archivo puede estar dividido a lo largo de una partición a esto se le llama fragmentación, aunque el sistema operativo y los sistemas de archivos tienen la posibilidad de lidiar con esto. El hecho de que un archivo se encuentre disperso reduce el rendimiento de la unidad, por que el cabezal tendra que saltar por varias partes del disco para obtener la información y eso toma tiempo.Un programa desfragmentador de disco nos ayuda a todas las porciones de un archivo queden contiguas y que la parte de el disco duro que tiene informacion este al principio y la vacia al final. Windows ofrece este programa en las utilidades del sistema.Se recomienda que desfragmentes tu disco duro cuando notes que el rendimiento de el disco duro este decayendo, es decir que el sistema operativo tarde mucho en encontrar la informacion en el disco duro por que esta muy dispersa.[1]
Para abrir la utilidad de desfragmentación debemos dirigirnos a l menú Inicio, Todos los Programas, Aplicaciones y Utilidades del Sistema. Ahí haremos click en desfragmentar el disco y el diálogo de desfragmentación aparecerá. Es importante tener como mínimo un 13% de espacio libre en el disco en la unidad que vayamos a desfragmentar. Seleccionaremos la unidad y hacemos click en desfragmentar. El programa analizará el disco y después comenzará a trabajar. En discos duros de gran tamaño (y con una gran tasa de fragmentación de archivos) este proceso puede llevar horas.
En cuanto a los usuarios de Windows Vista, estáis de suerte, pues Microsoft automatizó totalmente el proceso de desfragmentación de tal modo que en teoría no habría por qué preocuparse. La desfragmentación se lleva a cabo de manera automática y utilizando una nueva función del sistema (las operaciones de Entrada/Salida de baja prioridad) que permite que sigamos trabajando de forma normal mientras se está desfragmentando, a diferencia de anteriores versiones, en las que mientras se estaba desfragmentando el ordenador lo mejor era dejarlo dedicado únicamente a esa tarea hasta que acabara.

En Vista, la ventana de desfragmentación es mucho más simple que en versiones anteriores.
Consejos para antes de realizar la desfragmentación:
Eliminar todos los archivos temporales e innecesarios (ver esta entrada en mi blog).
Reiniciar el ordenador (de este modo algunos archivos que estaban siendo usados por programas podrán ser desfragmentados al reinciar la máquina).
Una vez reiniciado, dejarlo desfragmentando sin hacer ninguna otra tarea.
En el caso de que se quieran usar aplicaciones de terceros, recomiendo leer el artículo que indico al final de la entrada. Por mi experiencia personal os recomiendo UltraDefrag, programa de desfragmentación de disco, de código abierto, para Windows. http://ultradefrag.sourceforge.net/
Para saber más:
Enlace recomendado: http://jamillan.com/v_desfrag.htm
Artículo recomendado buscado en Dialnet:
ALONSO MORENO, Daniel. Solución profesional para desfragmentación. PC World. Nº. 210, 2004 , pag. 126. ISSN 0213-1307